Rasens opprinnelsesland er Sveits, men hvor gammel rasen egentlig er og hvor den stammer fra - se det er mer usikkert.
En hund som likner svært meget på berner sennen- hunden er beskrevet av den romerske dikter Columellas allerede for 2000 år siden.

Berner sennenhund er en molosser mange kynologer mener nedstammer fra den gamle romerske molosseren, som ble innført til Sveits av romerske legionærer under romertiden. Under middelalderen fantes det en type trefarget molosser i Sveits som gikk under tilnavnet «slaktermastiff». Denne ble blant annet brukt av sveitsiske soldater i krig og er trolig en etterkommer av de romerske kamphundene som romerne innførte. Fra disse har så trolig de første «sennenhundene» oppstått.

Såkalte sennenhunder, som også kalles sveitsiske kveghunder, har eksistert i Sveits gjennom flere århundrer, men som selvstendige hunderaser dukket de først opp på 1890-tallet. Den første standarden ble publisert i 1898 og gjalt Appenzeller sennenhund, som stammer fra Appenzell-området i østre Sveits. Dernest fikk Berner sennenhund sin rasestandard i 1907 og Grosser schweizer sennenhund i 1909, mens Entelbucher sennenhund (som stammer fra Luzern-området og er den minste av sennenhundene) fikk sin rasestandard i 1913.

I tidsrommet mellom andre verdenskrig og 1950 ble det krysset inn blodslinjer fra Newfoundlandshund i Berner sennenhund, for å gjøre rasen større og kraftigere. Berner sennenhund skiller seg derfor fra sine tre slektninger gjennom å ha en annen pelstype og en noe kraftige (tyngre) bygning.